Shiatsu wird meistens auf einer Matte oder einem speziellen Futon auf dem Boden praktiziert. Behandelt wird mit den Händen (Finger und Handballen), aber auch mit den Ellbogen und Knien.
Neben sanften, rhythmischen werden auch tiefer wirkende Techniken sowie Dehnungen und Rotationen eingesetzt. Der Praktiker nutzt dabei sein eigenes Körpergewicht und arbeitet vor allem aus der Körpermitte (japanisch: Hara, chinesisch: Tan Tien) heraus.
Im ursprünglichen, von Namikoshi begründeten Shiatsu wird der Klient ohne Bekleidung behandelt, Masunaga hingegen zog die Behandlung mit leichter Bekleidung vor. Da im Westen größtenteils der Masunaga-Stil vertreten ist, wird hier auch zumeist mit Bekleidung gearbeitet. Beide Behandlungsarten – ob mit oder ohne Bekleidung – haben sowohl Vor- als auch Nachteile.